乌鲁木齐市第十六中学，是一所具有光荣革命传统的学校。前身是1955年在王震将军率部的“马背子女学校”基础上筹建的乌鲁木齐保育小学。1969年7月在原小学基础上成立了乌鲁木齐市第十六中学。1982年7月市16中学与市22中整合，市16中学成为一所初级中学。2004年5月与原14中初中部强强联合，学校成为乌鲁木齐地区首批民汉合校初级中学，自民汉合校以来，学校发展状况良好，已成为乌鲁木齐乃至全疆民汉初级中学的一面旗帜。
学校先后被授予“全国教育系统先进集体”的最高荣誉、“全国三八红旗集体”、“自治区行风建设示范窗口”、“自治区依法治校示范学校”、“自治区基础教育课程改革先进集体”、“全国创建绿色学校活动先进集体”、“自治区文明单位”、中国“陶行知研究先进集体”、自治区级“德育示范学校”、自治区级“卫生红旗单位” 等荣誉称号，新课程改革及课题研究成果连续三次获得市科技进步奖等荣誉称号。
2011年在市委市政府督导双语教学工作中，学校获得全市第一名，2011年在自治区级德育示范校、自治区级依法治校示范校复验获得全市第一的成绩，并且是唯一一所专家组没有提出问题、建议的学校。
2012年8 月在全疆多民族学校管理工作会议中关于十六中管理工作做了经验交流。2012年9月自治区党委常委、乌昌党委书记、市委书记朱海仑来我校调研对学校的民族团结、“七彩人生教育”给予充分肯定。
管理指导思想：坚持以学生的发展为本 坚持以教师的发展为本
办学宗旨：教好每一个学生 让家长放心 让社会满意
发展思路：以德立校 科研兴校 名师兴校
教育理念：以人为本 以学生发展为本
工作方针：尊重 学习 融合 发展
校 风：朴实 坚毅 明理 诚信
校 训：厚德修业 睿智善行
教 风：崇德 爱生 敬业 求精
学 风：勤学 多思 互助 进取
乌鲁木齐市第十六中学是一所拥有光荣革命传统的学校，其首先在乌鲁木齐地区开展“初三学生复训”教育。复训教育是社会实践课程的重要一课也是学校德育教育的重要部分。学校开展复训的目的在于强化学生身体素质，强化集体意识，磨练学生意志。其过程同初三复习具有共性，都是需要坚持、努力的一件事。旨在强化学生身体素质为初三中考复习打下基础，树立顽强拼搏的榜样，为初三复习提供助力。
作为乌鲁木齐市首批“民汉合校”，民族团结教育是学校的办学特色之一，也是学校教育不可或缺的一部分。学校通开展“民汉班级结对子”活动，在“12·9·合唱”、广播操比赛等活动中，让民汉班级共同参与，增进感情。学校设有民族团结教育月，通过示范班会，广播宣讲等多种形式进行民族团结教育。